L'APSAM est administrée par un Conseil d'administration de 22 membres, composé d'un nombre égal de représentants des groupes patronal, nommés par l'Union des municipalités du Québec, et syndical, nommés par les associations syndicales regroupant les diverses catégories d'employées et d'employés du secteur.

Le Conseil d'administration, présidé par deux coprésidents (représentant  les parties patronale et syndicale), décide de l'orientation générale, du cadre et du financement des activités de l'Association. Il exerce tous les droits et pouvoirs que l'Association peut elle-même exercer en vertu de ses lettres patentes et des lois qui la régissent.